L'entreprise possède déjà une "application métier" développée spécifiquement pour ses besoins (qui fonctionne très bien) et souhaite savoir si elle pourra la conserver en acquérant le PGI. Est-ce techniquement possible ?

Oui, c'est possible à condition que l'éditeur du PGI permette l'interopérabilité. Il faudra développer une interface spécifique (ou des API) pour relier l'application métier "sur-mesure" existante avec la base de données centrale du nouveau PGI, afin que les données puissent s'échanger sans être saisies deux fois (on parle d'EAI - Enterprise Application Integration).