L'une des difficultés de la gestion d'un EPIC est de concilier la logique administrative et la logique commerciale.
Selon la théorie de R.E. Freeman, le CSTB doit gérer des "parties prenantes" aux intérêts divergents. Quel conflit d'objectifs majeur peut exister entre l'État (partie prenante exerçant la tutelle) et les clients privés du CSTB (professionnels du bâtiment) ?
Le conflit d'intérêts réside entre l'État (qui fixe des missions de service public, de recherche désintéressée et de sécurité exigeant rigueur et temps) et les clients privés (les constructeurs, qui exigent des prestations commerciales rapides, rentables et au coût le plus bas possible pour obtenir leurs certifications). Le CSTB doit arbitrer entre qualité publique et réactivité commerciale.